L’espace réservé au département punique renferme des ex-voto dédiés à Baal Hammon et Tanit, les divinités principales du panthéon carthaginois ainsi que des objets en diverses matières en rapport avec le culte punique.

À côté de celui-ci se trouve le département des fouilles sous-marines de l’épave de Mahdia dit également le « Trésor de Mahdia ».On y découvre des  objets de l’époque hellénistique découverts au début du XXe siècle. Ils sont en bronze, en marbre et en bois (bustes de divinités grecques, statue en bronze de l’Agôn...). 

Cependant, la collection qui fait la renommée du musée est celle de la mosaïque qui se distingue par sa richesse et sa variété. On y découvre les thèmes qui ont trait aux croyances et à la mythologie (héros mythologiques, dieux et déesses), au temps et ses divisions (les saisons : Automne, Hiver, Printemps, Été, le calendrier : l’année, les mois, les jours, le cosmos, l’astrologie), à la superstition envers le mauvais œil, des sacrifices aux dieux, aux religions  monothéistes (juive et chrétienne). La vie quotidienne occupe une place de choix sur ces mosaïques, vie marine : pêche, commerce maritime, catalogue de bateaux,  vie rurale : grands domaines villas de plaisance,  chasse aux grands fauves, sport et loisirs etc…)

 Le Musée expose également une importante collection de sculpture qui anime la salle de Carthage, les citernes où sont présentés des saprophages.

Quant au département islamique célèbre surtout par les feuillets du Coran bleu et de celui de la Hadhina (la nourrice), il expose  la céramique de Raqqada et celle de Qallaline utilisée dans le décor et dans la vaisselle.  

Le 18 mars 2021, le département des trésors où sont exposées les pièces archéologiques exceptionnelles à l’échelle internationale a été réouvert au public après six ans de fermeture.

Aujourd’hui, ce département a connu des travaux d’entretien, de réaménagement et une nouvelle muséographie et scénographie.

En effet, la fameuse mosaïque du zodiaque qui représente les 12 signes du zodiaque et les 7 jours de la semaine provenant de Bir Chana (région de Zaghouan) a été restaurée.

La célèbre mosaïque du poète Virgile et les deux Muses a retrouvé son emplacement d’exposition d’origine dans ce département.

 À cela s’ajoutent deux nouvelles salles. Dans la première ont été exposés pour la première fois : le trésor monétaire de Thysdrus (El Jem) qui est d’époque romaine, une vitrine d’objets juifs dont les deux clés de la plus ancienne synagogue découverte en Tunisie qui est dite de Naro (Hammam Lif aujourd’hui), une vitrine d’une série de décorations (distinctions) beylicales et le portrait d’Ali Bey, le fondateur du Musée. La deuxième salle est consacrée à l’exposition des bijoux puniques et romains ainsi qu’aux coiffes féminines brodées de fils en argent, en or, de perles et pierres précieuses et semi précieuses d’époque moderne provenant de différentes régions de la Tunisie. Dans les deux autres salles sont exposés entre autres la cuirasse punique (dite d’Hannibal) de Ksour Essef, un bas-relief aux Ménades dans l’extase de la danse, une statuette du dieu Bacchus enfant et des bas-reliefs de femmes athlètes découverts au site archéologique de Dougga. 

Une nouvelle salle est en cours d’aménagement et abritera un trésor découvert à Chimtou (Nord-ouest de la Tunisie). Il est constitué de 1647 pièces en or et une en argent trempé dans l’or. Son poids total est d’environ 7,200 kg.

Depuis quatre ans, le Musée abrite l’événement annuel : Les Nuits du Bardo qui s’organisent au mois de ramadan. Il s’agit de 3 à 4 soirées ramadanesques animées par des artistes et troupes tunisiens.

Un point de vente d’ouvrages et de produits culturels dérivés, trois boutiques d’artisanat et deux cafés l’un à la mezzanine et l’autre dans le jardin andalou du musée sont à la disposition des visiteurs.

Parmi les autres services mis à la disposition du public, l’Agence de Mise en Valeur du Patrimoine  et de Promotion Culturelle et l’Institut National du Patrimoine ont deux nouveaux produits : l’application ” Bardo UP ” de Réalité Augmentée sur Smartphone et tablettes destinée aux amateurs des nouvelles technologies et  des objets imprimés par laser reproduisant des mosaïques et des sculptures, consacrés aux aveugles et aux malvoyants consistant en.

Le téléchargement de cette application est disponible dans Play store.